En 2006, comenzó la producción de la Kombi con motor refrigerado por agua y motor flexible (gasolina y etanol). La solución para reemplazar el motor refrigerado por aire fue el motor 1.4, derivado del motor Fox/Polo, utilizado para exportación. El motor flexible se integró a la perfección en la Kombi, mejorando su rendimiento y consumo, y también ligeramente su estabilidad gracias a la posición del motor, además de ser más silencioso. Una nueva parrilla frontal, igual a la del modelo mexicano y diferente a la del modelo diésel de los años 80, marcó el gran cambio estético. También se insertó un nuevo panel de instrumentos, pero sin el termómetro de agua; en su lugar, solo había una luz indicadora para advertir del sobrecalentamiento del motor.
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