En 2006, comenzó la producción de la Kombi con motor refrigerado por agua y motor flexible (gasolina y etanol). La solución para reemplazar el motor refrigerado por aire fue el motor 1.4, derivado del motor Fox/Polo, utilizado para exportación. El motor flexible se integró a la perfección en la Kombi, mejorando su rendimiento y consumo, y aún mejoró ligeramente su estabilidad gracias a la posición del motor, además de ser más silencioso. Una nueva parrilla frontal, igual a la del modelo mexicano y diferente a la del modelo diésel de los años 80, marcó el gran cambio estético. También se insertó un nuevo panel de instrumentos, pero sin el termómetro de agua, solo con una luz indicadora para advertir del sobrecalentamiento del motor.
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